はじめに
インボイス制度の開始以降、「登録事業者とだけ取引すべきか」という判断に悩む経営者は少なくありません。
特に長年付き合いのある外注先や仕入先が免税事業者である場合、仕入税額控除が制限されることを理由に、取引関係を見直す動きも見られます。
ただし、制度の詳細を見ると、「未登録業者＝常にコスト増」と単純に結論づけることはできません。
現在は経過措置が設けられており、一定条件のもとで部分的な控除が認められています。
この仕組みを理解することで、取引判断をより冷静に行うことが可能になります。
この記事で分かること
- インボイス未登録事業者との取引が直ちに不利とは限らない理由
- 2026年9月まで続く「80％控除」という経過措置の仕組み
- 登録業者と未登録業者、それぞれの実質的な負担額の比較
- 簡易課税制度などの条件による影響の違い
インボイス制度の「経過措置」とは何か
インボイス制度では、原則として適格請求書（インボイス）がなければ仕入税額控除を受けることができません。
ただし、制度移行による急激な影響を緩和するため、国は一定期間の経過措置を設けています。
現在は、2026年9月30日までの期間に該当し、免税事業者からの仕入れであっても、消費税相当額の80％※を控除することが可能です。
※_令和8年度税制改正により、この経過措置は延長されました。2026年10月以降も、当初予定の50％ではなく70％の控除が維持される方針となっています。
この経過措置により、未登録事業者との取引であっても、現時点では一定割合の控除が認められています。
なお、この措置は買い手が課税事業者であり、原則課税を採用している場合にメリットが生じるものです。
80％控除がキャッシュアウトに与える影響
経営判断において重要なのは、最終的なキャッシュアウト（現金の支出）の総額です。
ここで、取引価格による実質負担の差をシミュレーションしてみます。
相手がインボイス登録事業者の場合、税込11万円の支払いで消費税1万円が全額控除されるため、実質負担は10万円となります。
一方で、相手が免税事業者の場合を考えます。
もしこの取引先が、自らの立場を価格に反映し、消費税分を上乗せせずに10万円（税込・インボイスなし）で提供していたらどうなるでしょうか。
この場合、買い手側には80％控除（消費税10%換算で8,000円相当）が適用されるため、実質的な負担額は9万2,000円となります。
実質負担額の比較シミュレーション
具体的に数字を並べると、以下のようになります（税込11万円の取引を想定）。
| 取引先の区分 | 支払額（税込） | 消費税控除額 | 実質負担額 |
| 登録事業者（10%税込） | 110,000円 | 10,000円 | 100,000円 |
| 免税事業者 （税抜価格で取引） | 100,000円 | 8,000円 | 92,000円 |
このように、経過措置期間中は「消費税を過剰に請求しない免税事業者」と取引を継続することで、必要な仕入れや外注を低コストで抑えることが可能になるケースがあります。
簡易課税制度を採用している場合の影響
前述のシミュレーションは、買い手側が「原則課税」を選択している場合の話です。
もし自社が「簡易課税制度」を採用している場合、状況はさらに異なります。
簡易課税では、実際の仕入れにかかった消費税額ではなく、売上高に対する消費税額に業種ごとの「みなし仕入率」を乗じて控除額を計算します。
そのため、相手がインボイス登録事業者であるか免税事業者であるかは、自社の納付税額には一切影響しません。
つまり、自社が簡易課税であれば、免税事業者の取引先に対して「インボイスがない分、価格を調整してほしい」と交渉し、仮に支払額が下がったとしても、消費税の控除額が減って納税額が増えるといった相殺は起こりません。
結果として、支払額を抑えた分が消費税の計算に左右されることなく、そのまま手元の資金（キャッシュフロー）の改善に反映されることになります。
経過措置期間は「検討余地がある期間」
現在の80％控除が適用される期間は、経営者にとって取引条件を冷静に検討できる重要な時期です。
未登録事業者との取引が直ちに不利になるとは限らず、価格条件や取引内容によっては経済合理性が十分に成り立ちます。
ただし現実の市場では、価格は需給関係で決まるものであり、必ずしも理論通りの価格調整が起きるとは限りません。
そのため、登録の有無だけで一律に判断するのではなく、実質的なコストと提供される価値を個別に比較する視点が重要になります。
価格設定を見る際の実務的な視点
未登録事業者であっても、価格設定は事業者の自由です。
重要なのは、その価格が自社にとって合理的かどうかという点です。
経過措置を踏まえた上で、「実質負担はいくらになるのか」「品質や信頼性はどうか」「長期的な取引関係として妥当か」といった総合的な視点で判断することが、経営上は現実的です。
制度を正しく理解し、数値に基づいた合理的な判断ができること自体が、経営の強みになります。
まとめ
インボイス制度の経過措置期間中、未登録事業者との取引を一律に避けることが最適解とは限りません。
2026年9月までの80％※控除は、取引条件を冷静に検討する余地を与える制度設計になっています。
※_最新の税制改正により、2026年10月以降も70％という高い水準の控除が維持される方針です。これにより、免税事業者との取引判断における柔軟性はさらに高まったといえます。
表面的な情報の有無に惑わされず、仕組みを正確に捉えて実質的なコストを数値で比較すること。
そして、長期的な取引価値を見極めること。こうした経済合理性に基づいた判断こそが、これからの経営に求められます。
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